מרדכי קידר נולד בתל אביב בשנת 1952. הוא שירת באמ"ן וסיים את שירותו בדרגת סגן אלוף. לאחר שחרורו מצה"ל היה חבר בתנועת נתיבות שלום. את כל לימודיו האקדמיים עשה באוניברסיטת בר-אילן. בשנים 1981-3 למד לתואר ראשון במחלקה לערבית ובמחלקה למדע המדינה, ובשנים 1991-1997 למד לתואר שלישי במסלול הישיר במחלקה לערבית. נושא עבודת הדוקטורט שלו היה "הלשון הפוליטית הפומבית של משטר אסד בסוריה: מסרים ודרכי הבעתם". בשנת 2000 מונה למרצה באוניברסיטת בר-אילן.